공무원노동조합 거제시지부(지부장 윤종명)는 행자부에서 실시하고 있는 공무원 센서스와 관련하여 개인정보를 수집하여 집중화시키는 점에서 "인권침해"라며 강력 대응하고 나섰다.
 
공무원노조 거제시지부는 "자의가 아닌 타의에 의해 입력한 경우 본인의 삭제요청이 있을 시 당연히 삭제를 해주어야 함에도 불구하고, 기술적으로 가능한 것을 행정편의주의적 발상에 의해 인권침해의 소지가 있음에도 받아들이지 않고 있다"고 주장했다.

이에 거제시지부는 ▲공무원센서스는 희망자에 한하여 진행하는 것이므로 불참하는 것도 가능하며 행자부에서도 인정하고 있다며, ▲수기식 설문조사 진행시 무기명 온라인 입력하기로 했으므로 지부차원에서 행자부지침을 근거로 무기명 입력를 강제하고 확인할 것을, ▲ 기입력내용 삭제요청은 자율적의사에 의해 입력하지 않았음을 제시하고 삭제를 희망하는 조합원은 지부로 통보해 주시면 행자부에 삭제요청을 강력히 요구하겠다고 밝혔다.

한편, 행정자치부에서 실시하는 공무원 센서는 공무원 인사정책 수립 운영과 제도개선을 위한 기초 자료수집, 공직내 인적자원 통계 주기별 변동사항 등을 기록유지 활용한다는 취지다. 또한 조사대상 공무원이 아닌 자의 시스템 접근을 차단하고, 설문응답 내용은 암호화하여 전송 저장한다고 밝히고 있다.

거제시 공무원 노조원은 "제2의 네이스와 크게 다를 바 없다"며, "최근 개인신상정보를 유출하는 사건들이 빈번한 가운데 정부에서 공무원 정보를 독점하여 악용할 수 있다"고 말했다. 

행정부와 공무원노조간 '공무원 센서스'를 놓고 갈등이 깊어 질 가능도 배제하기 어렵다.