현재 NEIS와 관련하여 전교조 거제지회는 '공동수업'을 진행하고 있으며, 각 학교마다 자체적으로 네이스보다 수기 혹은 c/s로 전환되고 있는 실정이다.  이에 거제중앙중학교 김재필교사가 네이스에 대한 문제점을 정리해 보내왔다.  

NEIS 문제의 핵심

● 정보 인권
  -> 공기관의 개인정보보호에 관한 법률 제4조(개인정보의 수집) : 공공기관의 장은 사상·신조 등 개인의 기본적 인권을 현저하게 침해할 우려가 있는 개인정보를 수집해서는 아니 된다.
● 학교내의 정보는 학교 담장 밖으로 흘러나갈 수 없다
  -> 초·중등교육법 제25조 : 학교생활 등에 관한 정보를 해당 학교의 장이 수집, 보관
● 정보의 집적화 : 해킹의 우려, NEIS에 집적된 정보는 활용 방법에 따라 무한한 상업적 가치를 창출할 수 있는 것이다.

 NEIS의 법적인 문제

- 공공기관의 개인정보보호에 관한 법률 제4조(개인정보의 수집) 공공기관의 장은 사상·신조 등 개인의 기본적 인권을 현저하게 침해할 우려가 있는 개인정보를 수집해서는 아니 된다. 다만 정보주체의 동의가 있거나 다른 법률에 수집대상 개인정보가 명시되어 있는 경우에는 그러하지 아니한다.
- 초·중등교육법 제25조는 학교생활 등에 관한 정보를 해당학교의 장이 수집, 보관하도록 하고 있으며 교육기본법도 국가 및 지방자치단체는 교육의 자주성 및 전문성을 보장하기 위해 지역 실정에 맞게 교육하도록 시책을 수립·실시해야 하고, 학교운영의 자율성과 교원 전문성을 존중하고, 교직원·학생·학부모·지역주민의 학교운영 참여를 보장하여야 한다고 규정하고 있습니다.
- 헌법에서도 교육의 자주성과 자율성을 보장하고 있으므로 이러한 교사의 권한을 침해하여 획일적인 평가를 요구하고 있는 것은 창의적인 교육을 막아 결과적으로는 학생들에게까지 피해를 입히는 것입니다.

 왜 NEIS를 반대하는가 ?

철학의 문제

● 도올 김용옥의 글 중에서
그것은 교육철학에 관한 문제다. 그것은 국가정책의 효율·비효율에 관한 문제가 아니라 국가를 구성하는 국민 개개인의 인권에 관한 문제다. 어떻게 학교내의 정보가 학교담장 밖으로 흘러나갈 수 있단 말인가? 어떻게 수시로 변하는 한 인간의 성장과정의 정보가 그 인간의 성격을 규정하는 국가정보로서 고착될 수 있단 말인가? 어떻게 국민 개개인의 신상정보 일체를 국가가 그 개개인 당사자의 동의 없이 다 긁어모을 수가 있단 말인가? 어떻게 이런 나라에서 우리가 살 수 있단 말인가? 죠지 오웰의 ‘1984’라도 만들 생각인가? 네이스가 실현되면 우리나라 교육은 철저히 비인간화되어 갈 수밖에 없다. 효율성이란 미명아래, 정보의 민주화라는 구실아래 선생과 학생간의 인간적 유대감이 상실되고, 부모와 학생간에 사찰의 대적적 관계만 증대된다. 교육을 받는자가 크게 성장할 수 있으려면, 교육정보가 감추어져 있는 부분이 있어야만 자율적 영역이 확보되고 개체적 성찰의 깊이가 생겨나고 어린시절의 사적인 로맨스가 보장되는 것이다. 네이스는 이러한 모든 교육적 질감을 파괴하는 획일주의의 소산이다. 네이스 철회를 반대한다구? 그것도 며칠일 뿐이다. 바로 반대를 일삼는 그자들이 네이스 시행을 반대했던 인간들이 아닌가? 교총도, 교육부관계자도, 한나라당도 모두 처음에는 네이스 시행을 반대했던 사람들이었다. 정말 웃기는 얘기다.
● NEIS에 입력하도록 되어 있는 학생, 학부모, 졸업생들의 개개인에 대한 대부분의 정보들은 해당 담임 선생님의 머리 속이나 수첩 속에 있어야 할 정보이지 전국단위 교육행정정보시스템에 있어서는 안 되는 정보들이다.

정보 인권 측면

● 교육부는 네이스가 안전하다고 하는데  ?
  - 한마디로 순진한 생각이다. 주간 동아에 나온 내용대로 이미 5월 5일에 충남의 한 지방교사가 해킹에 성공, 간단한 해킹 프로그램으로도 인증서 무력화, 마스터 권한(교육부 장관)까지 행사 가능하다는 걸 증명, 절대 안전한 시스템은 없다는 것을 증명.
- 지난 1998년 세계에서 가장 보안이 뛰어나다는 펜타곤(미국방성)이 해킹되었고, 몇 년 전에는 야후사이트가 해킹 당했으며, 최근에는 알자지라 방송이 해킹됨으로서 해커로부터 안전한 시스템은 없다는 것을 증명
- 정보를 집중시킬수록 해커들의 농간의 표적이 된다는 것은 삼척동자의 상식에 속하는 일이다.
●  정보는 누가 어떻게 사용하느냐 하는 것을 떠나 정보의 집중, 그 자체만으로도 위험하다.
- 정부가 나서서 정보를 집적하는 것은 국민을 통제의 대상으로 보는 독재시절로 돌아가자는 것과 다름없다. 1996년 전자주민카드의 도입이 반인권적이라는 이유로 무산된 것을 잊어서는 안된다.
- 국민은행 카드 고객 정보 -> 내부자에 의해 30만명 유출, 건당 3,000원, 네이스 정보의 유출시 상업적 가치 막대함
- 300만명의 졸업생 정보(1980년 -2002년) -> 주민등록번호 등 인적사항과 성적 성취도, 행동 발달 사항, 교사의 종합 의견 등이 기록돼 있다.
- 정보의 집중 -> 해커의 표적, 상업적 가치 막대함.

업무량 측면

● 서울에 있는 인문계 고등학교 3학년 담임의 글
첫째, 서버가 제대로 구축이 되지 않아서 소수만 사용해도 접속이 어렵고 시간이 많이 걸립니다.
학생들이 원서 접수할 때 생활기록부가 필요하기 때문에 3학년 때 추가된 사항을 입력하여 다시 출력물을 준비해야 하는데, 오늘 아침에도 서울시 교육청 NEIS 서버가 다운되어서 접속이 불가능했습니다.
여러번 접속에 실패하면서 <NEIS 때문에 오히려 수시대란이 일어났다>는 결론을 내리게 되었습니다.
서울시 고등학교들 중에서 3학년만 그 중에서도 1학기 수시에 지원하는 소수의 학생들을 위해서 생활기록부를 작성하는 데에도 접속이 불가능한데
학년말 마무리를 할 때 과연 서울시의 모든 학교에서 NEIS를 사용할 수 있을지 걱정이 됩니다.
둘째, 한 학생의 입력 결과를 보려면 <숨겨진> 스크롤바를 찾아 최대 가로 3개, 세로 4개까지 그 많은 스크롤바들을 이리저리 움직여 가면서 확인해야 합니다. 그 번거로움에 대해서는 두말할 필요도 없겠죠.
셋째, 봉사활동 기본 사항을 제외하고 불필요하게 오가며 선택, 입력해야 하는 부분이 너무 많아서 총 27번을 클릭하게 됩니다. 한 학생 입력, 수정에 드는 회수입니다.
또한, 입력상태 조회창이나 인쇄 부분이 취약합니다. 학교는 한 교무실에 프린터가 많아야 두 대이고, 지금 제가 있는 교무실은 한대인데, 다른 컴퓨터와 인쇄가 겹치면 NEIS만이 유독 인쇄 처리를 못합니다.
교사가 아닌 사람이 만들어서 그런지 교사를 하루종일 할 일 없이 컴퓨터 앞에만 앉아있는 사람으로 착각했는지도 모릅니다.
● NEIS 모든 항목에 최소한의 입력기준이 있어 불필요한 입력을 요구하고 있는 실정입니다.대다수의 교원들이 업무의 증가에 많은 시간을 빼앗기고 있고 이중업무로 인한 고충을 겪고 있습니다.