국립농산물품질관리원 경남지원 통영·거제사무소(사무소장 안성식, 이하“통영·거제농관원”)는 농업법인 이 법인세와 소득세를 감면 또는 면제 받기 위해서는 금년말까지 농업경영체 등록을 해야 한다고 밝혔다.

그동안 법인세 감면 또는 면제 신청시 세액면제 신청서만 납세지 관할세무서에 제출하면 되었으나,「조세특례제한법」개정․시행으로 ‘16년부터는 농업경영체 등록확인서도 함께 제출해야 한다.
*「조세특례제한법」시행령 제63조 및 65조 : 농업법인에서 발생하는 법인세와 배당소득세 면제(감면) 신청을 하고자 할 경우 납세지 관할 세무서에 세액면제신청서와 함께 농업경영체 등록 확인서도 제출하여야 함
농업경영체 등록 대상 법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립된 영농조합법인  농업회사법인이다.
* 영농조합법인 : 농산물의 생산․출하․유통․가공․수출 등을 공동으로 경영하기 위해 농업인 5인 이상으로 설립된 조합법인
** 농업회사법인 : 농산물의 유통․가공․판매를 기업적으로 운영 및 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하기 위해 농업인(1인 이상) 또는 생산자단체가 설립한 합명회사, 합자회사, 주식회사, 유한회사 형태의 회사법인
「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제정 이전(2009.5)에 농업농촌기본법, 농어촌특별자치법 등 과거법에 따라 설립된 법인도 등록이 가능하다.  따라서 ’15년분의 법인세․소득세를 감면 또는 면제 받기 위해서는  금년말까지 통영·거제 농관원에 농업경영체 등록 신청 및 등록을 해야 한다.

농업경영체등록 신청서는 농관원 누리집(홈페이지)(www.naqs.go.kr) 에서 다운 받거나 통영·거제 농관원에 비치되어 있으며,신청 시에는 등기부 등본, 정관, 출자 자산의 명세서류, 조합원(근로자) 인적사항 명세, 농업인임을 증명하는 서류를 함께 제출해야 한다. 
* 등록절차 : 신청서 제출 → 통영·거제 농관원 → 신청서류 검토 → 농업경영체 등록 확인서 발급(처리기한 90일)
 아울러, 국립농산물품질관리원 경남지원 통영·거제사무소는 농업법인을 대상으로 농업경영체 등록제도를 적극 홍보하기 위해   8월말까지 집중 안내 기간으로 정하고 전화 ․ 방문 홍보 등을 추진하고 있으며, 미등록으로 인한 불이익이 발생하지 않도록 농업법인의 적극적인 참여를 당부한다고 밝혔다.

“ 농업법인”농업경영체 등록   '15년도 법인세 감면신청('16.3월까지)부터 농업법인의 경영체등록확인서 제출 의무화(조특법), 미등록으로 인한 불이익이 없도록 안내 필요   배   경    ❍ 정부에서는‘08년도부터 농업인과 농업법인을 대상으로 맞춤형 농정 추진을 위한 농업경영체 등록제도를 추진     -‘14년도에는 농가 유형별 맞춤형 서비스 강화를 위한 등록정보의 확대·개편을 통해 15천 경영체에 대해 일제갱신 완료   ❍ 2016년부터는 농업법인의 법인세 감면(면제) 혜택을 위해서는 농업경영체 등록 확인서 제출을 의무화하는 「조세특례제한법」 개정․시행     - (관련법규)조세특제한법 시행령 제63조(영농조합법인 등의 법인세·소득세 면제 등), 제65조(농업회사법인 법인세 감면 및 소득세 면제 등)    ⇒ 영농조합법인, 농업회사법인에서 법인세 감면 등을 위해서는 금년말까지 사업장 소재지 농관원에 농업경영체 등록신청을 완료하여야 함   추진체계   ❍ (대상법인) 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조 및 제19조에 따라 설립한 영농조합 법인 및 농업회사 법인   ❍ (제출서류) 법인 등기부, 정관, 창립총회 의사록, 출자자산의 명세 서류, 상용근로자(비농업인) 인적사항을 적은 명세, 법인소유의 농지(가축사육시설․규모) 및 농작물 생산 현황, 농업인을 증명하는 서류(농업인 확인서, 경영체등록 확인서)   ❍ (등록절차) 농업경영체 등록신청서 제출 → 사업장 소재지 농관원 사무소→ 신청서류 검토 → 경영체 등록확인서 발급 덧붙임1「조세특례제한법」시행령 개정 내용   영농조합법인에 대한 법인세·배당소득세 면제 조항   《시행령 제63조》 ⑦ 법 제66조제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 "농어업경영체 등록확인서"라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. ⑧ 법 제66조제2항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서를 영농조합법인에 제출하여야 한다. 이 경우 영농조합법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서와 해당 영농조합법인의 농어업경영체 등록확인서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.   농업회사법인에 대한 법인세 감면·배당소득세 면제 조항   《시행령 제65조》 ⑤법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다. ⑥법 제68조제4항에 따라 배당소득에 대한 소득세를 면제받으려는 자는 해당 배당소득을 지급받는 때에 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서를 농업회사법인에 제출하여야 한다. 이 경우 농업회사법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서와 해당 농업회사법인의 농어업경영체 등록확인서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.  덧붙임2   농업법인 농업경영체 등록 절차 및 참고자료   대상법인   ❍「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 영농조합법인(제16조), 농업(제19조) 설립 규정에 따라 설립     - 동법에서 영농조합법인은 “협업적 농업경영체”(민법상 조합)로, 농업회사법인은 “기업적 경영체”(상법상 회사)로 규정    ❍ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제20조제2항     - 시장․군수 또는 구청장은 농업법인의 효율적 관리를 위하여 농림축산식품부장관이 정하는 바에 따라 농업법인 운영실태 등에 대한 조사   설립요건   ❍ 영농조합법인 : 농업인 5인 이상(농업인 및 농업생산자단체)     - 농산물의 출하․유통․가공․수출 등을 공동으로 경영   ❍ 농업회사법인 : 농업인 1인 이상(농업인 및 농업생산자단체)     - 농업의 경영이나 농산물의 유통․가공․판매를 기업적으로 운영 및 농업인의 농작업을 대행하려는 경우      * 합명회사, 합자회사, 주식회사, 유한회사의 형태로 설립   등록시 필수 확인사항   ❍ 제출한 정관 제1조에 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제16조 또는 제19조에서 정한 법인인지 여부     - 농업농촌기본법, 농어촌발전특별조치법 등 과거 법으로 등록한 농업법인도 농업경영체 등록이 가능하나, 가급적 변경등기를 권장   ❍ 농업인 기준 충족 여부     - (영농조합법인) 농업인 5인 이상 충족여부(농업인확인서 또는 경영체 등록정보로 확인)     - (농업회사법인) 농업인 1인 이상 충족여부(농업인확인서 또는 경영체 등록정보로 확인), 비농업인의 출자한도 확인     - 총 출자액이 80억원 이하인 경우 총 출자액의 90%까지, 80억 초과시 8억원을 제외한 금액까지 비농업인이 출자 가능         * 출자현황은 주주명부, 사원명부, 출자명세서 등으로 확인 가능