최근 거제시는 건조된 지 12년이 경과된 거북선이 심하게 부식이 진행되는 등 노후화로 관람객의 안전을 위협할 뿐만 아니라 보수와 유지관리 비용이 과다하게 소요되자 전문기관의 의견을 수렴해서 불용결정을 하고 제반 행정절차를 거쳐 매각을 진행했다.

당초에는 현장에서 철거하여 철갑, 철침, 쇠못 등은 따로 매각하기로 했으나 거제시 공유재산심의회에서 "바로 철거하기에는 아쉬운 점이 있고, 재활용할 사람이 있을 수도 있으므로 매각을 하라"는 결정에 따라 매각입찰을 진행했다.

하지만 육상으로의 이동 수단이 거의 불가할 뿐 만 아니라 철갑, 철침 등을 매각했을 때의 가격이 150만 원 정도로 추정되자 입찰에 응하는 사람이 없었다. 이에 일곱 번의 유찰을 거쳐 최종적으로 거제시가 추정한 가격과 유사한 154만 원에 낙찰되었다.

이번에 매각되는 임진란 거북선은 2010년 충남 서천에서 건조해 1년 만인 2011년 해상으로 운송되어 지세포항에 전시되었다. 하지만 당초 국산 '금강송'으로 제작하기로 했으나 ‘북미산 침엽수’로 제작된 것으로 알려져 ‘짝퉁’ 논란에 휩싸였다.

결국 유지 관리의 어려움, 태풍 내습 시에 파손 우려와 계속되는 침수 문제 등으로 1년 만에 바로 인근에 위치한 조선해양문화관에 광장으로 올려 지금까지 육상 전시를 이어오면서 여러차례 보수를 했으나 햇볕, 비바람 등 자연환경의 영향으로 육상에서 관리하는 데에는 한계를 드러냈다.

이에 따라 거제시는 구조점검 결과 일부는 손으로 만지면 부스러질 정도로 선체 전부가 부식이 진행되어 더 이상 방치하다가는 관람객의 안전사고 위험이 높고, 보수비용도 새로 건조하는 비용정도로 과다하게 소요되는 것으로 검토되어 불용처리하게 된 것으로 알려졌다.